گروه بیوانفورماتیک زیست سامانه های رایانشی با همکاری متخصصان رشته های مختلف بیوانفورماتیک آمادگی ارائه مشاوره و انجام خدمات زیر را دارا می باشد در صورت نیاز به خدمات پژوهشی گروه بیوانفورماتیک زیست سامانه های رایانشی با شماره تلفن 09134096831 تماس بگیرید.
خدمات پژوهشی
گروه بیوانفورماتیک زیست سامانه های رایانشی با همکاری متخصصان رشته های مختلف بیوانفورماتیک آمادگی ارائه مشاوره و انجام خدمات زیر را دارا می باشد در صورت نیاز به خدمات پژوهشی در زمینه بیوانفورماتیک با شماره تلفن 09134096831 تماس بگیرید.
1-در حوزه پروتئین:
– پیشگویی ساختار دوم و سوم پروتئین ها به کمک سایت ها و برنامه های کامپیوتری
– پیشگویی تغییرات ساختار پروتئین ها در اثر تغییر شرایط محیطی از قبیل دما و pH و قدرت یونی و … و همچنین مدیفیکاسیون پروتئین و تغییرات ساختاری در اثر جهش
– پیشگویی محل اتصال دارو به پروتئین و طراحی دارو
– ارائه خدمات مشاوره های در زمینه طراحی پروتئین و مهندسی پروتئین
– انفورماتیک آنتی بادی و ساختارهای پروتئینی
استفاده از پایگاه های عمومی و اختصاصی (توالی و ساختار) آنتی بادی ها و بلاست ویژه آنتی بادی ها
طرح های شماره گذاری و آنالیز توالی های آنتی بادی و معین کردن مناطق CDR و نواحی داربستی
طراحی و مدل سازی مدرن آنتی بادی با نرم افزارهای مختلف
بلوغ مجازی افینیتی آنتی بادی
جهش زایی خردمندانه آنتی بادی و بهینه سازی با نرم افزار
داکینگ آنتی بادی-آنتی ژن و آنالیز نتایج با نرم افزار
انسانی سازی و رفع عیوب ساختاری آنتی بادی
پیش بینی اپیتوپ های سلول B و T
بررسی conservancy اپیتوپی
بررسی population coverage
پیش بینی آلرژنیسیته پروتئین
پیش بینی آنتی ژنیسیته پروتئین
2- در حوزه ژنتیک :
خدمات توالی یابی NGS همراه با آنالیزهای مربوطه
- توالی یابی ژنوم های میکربی
- 16s rDNAو ITS
- توالی یابی متاژنوم
- RNA-seq
- ChIP-seq
- Amplicon deep sequencing
- توالی یابی کل پلاسمید
- توالی یابی یوکاریوتها
- توسعه مارکرهای مولکولی
- آنالیز داده های حاصل از توالی یابی نسل جدید (NGS) در سطوح:
- ژنوم
- متاژنوم و پروفایلینگ میکربی
- ترانسکریپتوم
- پروتئوم
- Read filtering and cleaning
- Transcriptome de novo assembly
- Transcriptome annotation
- Differential gene expression analysis
- SNP/SV/CNV discovery
- Genotyping by Sequencing (GBS)
- Whole Genome de novo assembly
- Genome annotation
- de-novo PacBio assemblies of any organelle (chloroplast or mitochondrial genomes)
- Computational identification of microRNA
- SSR discovery
- Whole exome Sequencing
- Targeted Resequencing
- Cancer Panel
- Methylation
آنالیز بالینی تعیین توالی اگزوم (WES)
بخش مربوط به DNA :
- به دست آوردن توالی مرجع DNA
- انجام انواع BLASTDNA و آنالیز نتایج آن
- انجام انواع همردیفی های DNA
- بررسیconservancy همردیفی
- طراحی پرایمر و پروب برای انواع PCR:
- طراحی پرایمر برای بررسی بیان ژن با Real time PCR
-
- طراحی پرایمر برای کلون نمودن ژن ها
- بررسی کیفیت و اختصاصی بودن پرایمرهای طراحی شده
- طراحی پرایمر برای تکنیک PCR-RFLP
- طراحی پرایمر برای تکنیک ARMS PCR
- طراحی پرایمر برای تکنیک HRM
- طراحی پرایمر برای تکنیک sscp-PCR
- طراحی پرایمر برای بررسی متیلاسیون(Methylation-specific PCR (MSP))
- طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی و cDNA عمومی برای ژن ها
- طراحی پرایمر برای تکثیر (و یا سنجش بیان ) فقط یک واریانت خاص از ژن
- طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی و cDNA عمومی برای میکروRNA ها
- طراحی پرایمر انکور (anchor) برای سنتز cDNA برای میکروRNA ها به صورت عمومی و اختصاصی
- طراحی پرایمر اختصاصی برای میکروRNA ها
- آشنایی با نحوه طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی برای کشف قسمت’3 ژن ها (3’ RACE)
- طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی برای کشف قسمت ‘5 ژن ها (5’ RACE)
- طراحی پرایمر جهت کشف ژن ها در گونه های نزدیک به هم
- تعیین ساختار دو بعدی DNA
- تعیین ساختار سه بعدی DNA به شکل تک ودورشته ای
- بهینه سازی ساختارهای سه بعدی DNA
- طراحی انواع ژن
- طراحی وکتور
- طراحی واکسن های DNA
- ترسیم درخت فیلوژنیک
- بررسی انواع برهمکنش های DNA با سایر مولکول ها
- بهینه سازی توالی ژن برای بیان در میزبان های مختلف
- آنالیز توالیها و مطالعات تاکسونومیک، طبقه بندی و فیلوژنتیک
- رسم درخت فیلوژنی و مطالعات تبار شناسی
- ماتریس شباهت و تفاوت توالی های زیستی
- آنالیز تعیین توالی (DNA Sequencing) بیماری های ژنتیک
- بررسی ارتباط پلیمورفیسم ها (SNP) با یک فنوتیپ خاص مانند بیماری یا سرطان
- ترسیم نمودارها و جداول مربوط به بررسی فراوانی جهش ها در بین جمعیت های مورد بررسی
- بررسی معنی داری فراوانی پلیمورفیسم ها (SNP) در بین جمعیت های مورد بررسی
- بررسی مدل های dominant, recessive و co-dominant در آنالیز داده ها
- محاسبه OR (odd ratio) و CI (confidential interval) برای هر یک از مدل های فوق
- بررسی هاپلوتایپ برای چند SNP
- محاسبه حجم نمونه در مطاعات موردی شاهدی
- محاسبه power برای نمونه ها
- آنالیز آماری داده های بررسی پلی مورفیسم در جمعیت
بخش مربوط به RNA
- به دست آوردن توالی مرجع RNA
- انجام انواع همردیفی ها
- تعیین ساختار دو بعدی RNA
- تعیین ساختار سه بعدی RNA
- بهینه سازی ساختارهای سه بعدی RNA
- بررسی انواع برهمکنش های DNA با سایر مولکول ها
- بررسی پایداری RNA
- آنالیز بیان ژن
- آنالیز داده های تکنیک ریل تایم ( Real-Time PCR)
- محسبه سطح بیان و fold change ژن ها برای داده های real time برای گروه های مختلف
- ترسیم منحنی ها و نمودارهای مرتبط با سطح بیان و fold change ژن ها
- انجام آنالیزهای آماری و تعیین سطح معنی داری برای داده های حاصل از ریل تایم ( Real-Time PCR)
- بررسی میزان اعتبار داده های حاصل از ریل تایم ( Real-Time PCR)
- بررسی کارایی (efficiency) پرایمرها در واکنش ریل تایم ( Real-Time PCR)
- آنالیز ترانس کریپتوم
- آنالیز داده های Microarray
- آنالیزهای RNA-seq
- مطالعه برهمکنش ها و ساختار های میکروRNA ، هدف های اتصالی میکروRNA و …
3- در حوزه بیولوژی سیستم ها یا زیسا شناسی سامانه ها
- آنالیز ها و مدلسازی های زیست شناسی سامانه ای
- آنالیز شبکه ها و مسیرهای بیولوژیک
آنالیزها و روش های یادگیری ماشین و داده کاوی
4- در حوزه آنالیزهای آماری
- انجام آنالیز آماری پروژه های زیستی و پایان نامه
- ترسیم انواع نمودارها برای داده های زیستی
- محاسبه آماره های Relative Risk و Odds Ratio
- محاسبه آماره Confidence Interval
- محاسبه آزمون های آماری (One way, Independent, Paired T Tests)
- محاسبه آزمون آماری ANOVA
- محاسبه آزمون آماری کای اسکوئر (Chi Square)
- محاسبه اندازه و حجم نمونه در کار های زیستی
تعیین تعداد نمونه مورد نیاز برای انجام پروژه های زیستی بر اساس فرمول های آماری و محاسبه میزان power نمونه ها
5- در حوزه طراحی و تولید نرم افزار و بانک های اطلاعاتی
- طراحی و تولید نرم افزار ها بیوانفورماتیکی
- تولید بانک های اطلاعات بیولوژیکی
- نصب و راه اندازی سرور های محاسباتی
- ارائه سرورهای تخصصی بیوانفورماتیکی
- ارائه سخت افزار های مخصوص محاسبات موازی پیشرفته
- تولید بانک های اطلاعات مخصوص مدیران تصمیم گیرنده
- ایجاد نرم افزار های تحت وب بیوانفورماتیک
- ارائه برنامه های e-Book e-Library e-Journal e-Publishing
- ارائه تکنیک های پیشرفته پردازش تصاویر (Image Processing) در بیوانفورماتیک و پزشکی
مشاوره و تهیه معروفترین و برترین نرم افزارهای بیوانفورماتیکی از معتبرترین کمپانی های آمریکایی و اروپائی به همراه آموزش در زمینه های مختلف تحقیقاتی و آزمایشگاهی
برای کسب اطلاعات بیشتر و در صورت نیاز به خدمات پژوهشی گروه بیوانفورماتیک زیست سامانه های رایانشی با شماره تلفن 09134096831 تماس بگیرید.